常见的质谱扫描模式丨DDA&DIA
常见的质谱扫描模式丨DDA&DIA
Data Dependent Acquisition DDA 1 之前已经提到，DDA可以同时获得被测代谢物的一级质谱和碎片信息，母离子的筛选主要依靠研究者预先设定的条件，如信噪比，同位素分布，离子强度，选择top-n等等。该方法由于采用了较窄的m/z（通常为~1Da）窗口进行筛选目标离子减少了干扰离子的存在，因此可以为研究者提供较高质量的碎片信息。 2 不足：目标离子的筛选是一个随机的过程，强度较高的离子更容易被选择成为目标离子进行二级质谱信息获取。所以，当分析复杂样本时，该方法被认为分析的重复性较差，有时候会有采样不足的情况出现，即MS/MS信息的覆盖率较低。在此情况下，当有价值的离子不能满足目标筛选条件或者与很多强度较高的离子共流出时，这些感兴趣的离子便不能被选择进行碎裂。 3 此外，如果母离子选择的数量太多，就会造成一级质谱的总离子流图采样不足，如果未使用高速扫描的高分辨质谱进行分析，那么采样点不足就会导致无......阅读全文
HUPO见闻：SWATH对DDA将产生巨大冲击
近一段时间，一直不断有Mann的新技术出现，THERMO的仪器基本上都是Mann首先发出的文章；而Aebersold自从回到瑞士以后在技术方面出的东西不多，今年ASMS质谱年会发布了和AB共同研究的SWATH技术。因未参会，一直
2011-09-21 17:57
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常见的质谱扫描模式丨DDA－－DIA
Data Dependent Acquisition DDA 1 之前已经提到，DDA可以同时获得被测代谢物的一级质谱和碎片信息，母离子的筛选主要依靠研究者预先设定的条件，如信噪比，同位素分布，离子强度，选择top-n等等。该方法由于采用了较窄的m/z（通常为~1Da）窗口进行筛选目标离子减
2020-08-05 15:26
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与常规的DDA串联质谱法比较，MSE的优点是什么？
数据依赖型串联质谱法（DDA. Data Dependent Acquisition）是通过选择特定母离子进入碰撞池，从而采集相应的碎片离子。而MSE 并不选择特定母离子进行单独碎裂，而是同时采集了所有母离子的碎片离子。这样MS E 就避免了由于DDA采集速率的限制而造成的信息采集不全的问题。此外，
2021-11-23 14:57
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一小时－DDA－鉴定－DIA－定量－4000－个－Hela－蛋白（二）
500
ng Hela 细胞裂解液用相同的色谱柱，相同的色谱梯度，将 QE HF 切换至 DIA 扫描模式进行 3 次 DIA
数据采集。在一次扫描循环中，目标母离子质核比范围 400–1000，四极杆的隔离窗口为 12 Da，包含 50 次 MS/MS 扫描。每一张
MS/MS 谱图中
2020-05-18 17:00
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一小时DDA鉴定DIA定量4000个Hela蛋白（一）
引言数据非依赖性的扫描模式（data-independent acquisition, DIA）是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式[1]。它的理念是用二级碎片离子进行蛋白相对/绝对定量。
DIA
扫描模式中，超高分辨质谱对特定质量范围内的所有母离子进行碎裂，采集所有母离子的碎片离子，并
2020-05-18 18:49
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一小时－DDA－鉴定－DIA－定量－4000－个－Hela－蛋白（一）
引言数据非依赖性的扫描模式（data-independent acquisition,
DIA）是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式[1]。它的理念是用二级碎片离子进行蛋白相对/绝对定量。DIA
扫描模式中，超高分辨质谱对特定质量范围内的所有母离子进行碎裂，采集所有母离子的碎片离子，并快
2020-05-18 17:00
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一小时DDA鉴定DIA定量4000个Hela蛋白（二）
Skyline 中嵌入的 mProphet 软件会根据同一肽段的多个子离子峰的 feature 进行打分。 Feature 包括子离子共流出峰形、保留时间偏差、 dotp 值、信噪比等。为了区分假阳性的子离子峰， mProphet 可以建立 decoy 库，也可以将打分排名第二的肽段作为decoy，
2020-05-18 18:50
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武汉岩土所滑坡稳定性的矢量和—DDA分析方法研究获进展
滑坡稳定性分析是岩土工程领域的经典问题，极限平衡分析思想是解决该问题的有力武器。极限平衡分析以安全系数求解为目标，假设滑动面同时达到极限状态，是典型的整体稳定性分析方法。然而，滑坡通常是从局部失稳发展至整体破坏的动力学过程，需要经历大变形、不连续体之间的接触、滑动摩擦。国际著名数学家、岩石力学家
2019-06-12 15:08
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Proteome－and－Phosphoproteome－Quantification－by－DIA－on－Orbitrap－（二）
FIGURE 2. Comparison of DDA and DIA raw data. (A)
Comparison of MS1 base peak chromatograms. (B) Comparison of zoomedin
chromatograms. (C) Composi
2020-05-18 11:34
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首个DNA损伤修复测序数据资源库被开发
10月13日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心吴薇研究组与广州国家实验室完成的最新合作研究成果（DNA Damage Atlas: an atlas of DNA damage and repair）。该研究整合开发了首个D
2023-10-26 17:02
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创新数据非依赖性采集用于复杂基质目标蛋白质...（三）
对10 条肽段的分析结果汇总(表1),结果表明,3 种DIA 方法在fg ~ pg
数量级肽段范围内均显示出良好的线性、重现性和灵敏度。3 种方法的最低定量限均达到amol 级,其中肽段GEEMEEMVQSAR在DIA
中最低定量限达14 amol,超越了常规SRM 和PRM 的定量水平。比
2020-05-18 16:29
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Orbitrap－Exploris™－480在鉴定测试方面助力文献研究
今天跟大家分享的是Orbitrap Exploris™ 480的第1篇文献，作者是来自丹麦哥本哈根大学的Jesper V. Olsen教授，文中对Exploris 480联合FAIMS Pro的性能进行了全面测试，包括DDA与DIA鉴定，灵敏度测试，组织样品测试，磷酸化样品测试，以及TMT与DIA定
2020-02-01 21:40
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Proteome－and－Phosphoproteome－Quantification－by－DIA－on－Orbitrap－（一）
Overview1) Purpose: Data Independent Acquisition (DIA) has
been applied for large-scale protein and PTM quantification on the
Thermo Scientific ™
2020-05-18 11:33
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中国科大鉴定了一个新的微管正端跟踪蛋白
近日，中国科学技术大学姚雪彪教授领导的细胞迁移与肿瘤转移动力学科研团队利用功能蛋白质组学、结构生物学及纳米尺度生物光子学研究手段，鉴定了一个新的微管正端跟踪蛋白DDA3，并深入解析了其在微管动力学调控及细胞迁移中的生物学功能。这一成果发表在5
月8日自然出版集团的Scientifi
2013-05-16 10:33
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应用四极杆离子淌度飞行时间质谱进行蛋白质组学分析一
1沃特世公司 （英国曼彻斯特） 2慕尼黑理工大学 （德国弗赖辛）应用优势 ■ 改善蛋白质识别，增加蛋白质组覆盖范围 ■ 即使在极低浓度下也能实现可靠鉴定 ■ 更有效地进行LC/MS/MS分析从而加快决策过程简介随着自下而上（bottom-up）蛋白质组学分析的复杂性不断增加，对于质谱仪的能力
2020-06-22 12:40
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全信息串联质谱MSE－简介
未知物的（一级）母离子与（二级）碎片离子数据是对其进行质谱分析所必须的信息。除了具备DDA串联质谱采集方法外，沃特世质谱更提供了独有的全信息串联质谱（MSE）技术。那么MSE技术是如何获得串联信息，并做到信息收集的最优化与最大化呢？ 全信息串联质谱（MSE）能提供什么样的信息？1. 未知分析物的定性
2019-09-09 16:09
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应用四极杆离子淌度飞行时间质谱进行蛋白质组学分析二
在该实验中，每次调查扫描执行15次并行MS/MS实验。如图3所示，结果表明将DDA与HD-DDA对比时，MS/MS总离子流（TIC）的增加与MS/MS通道数呈函数关系。每次运行的平均增加量为420%，与图2中所示结果一致。插图是15次MS/MS通道的示例，证明了可从样品中存在的较低丰度的肽中轻松获取
2020-06-22 12:41
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一维纳米带状导电金属有机框架材料制备方面取得进展
有机框架材料具有独特的孔洞结构、高的比表面积和优异的物理化学性质，在能源、催化、传感及光电器件等领域展现了广阔的应用前景。目前制备的有机框架材料，受到分子键接方式、堆叠结构和加工方法制约，导电性能较低。因此，开发新型低维有机框架材料，发展低成本、大规模晶体和薄膜制备技术，对于推动有机框架材料功能
2023-01-15 18:14
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蛋白质DIA检测原理
数据非依赖性的扫描模式(Data-independent acquisition, DIA)是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式。可以对特定质量范围内的所有母离子进行碎裂，采集所有母离子的碎片离子信息进行蛋白定性和定量。目前流行的蛋白质组学研究手段，如iTRAQ\TMT、 Label-fr
2021-01-22 17:33
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定量蛋白质组学质谱采集技术进展（三）
然而PRM 的分析通量不如SRM。PRM 能同时监测最多10 ~15 个母离子,而SRM
能同时监测上百个离子对,因为高分辨质谱的有效扫描速度通常只有10 ~15 Hz,远慢于SRM
的有效扫描速度。但是这一问题正逐步得到解决,多重累积(Multiplexing, MSX)技术的发展和使用有
2020-05-18 16:23
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创新数据非依赖性采集用于复杂基质目标蛋白质...（一）
创新数据非依赖性采集用于复杂基质目标蛋白质的定量分析摘要 数据非依赖性采集(DIA)是随着定量蛋白质组学而建立的质谱扫描技术。DIA
能够获得扫描范围内所有母离子及二级子离子信息,不会造成低丰度离子信息的丢失,同时突破了高分辨质谱二级定量的通量限制。本研究基于静电场轨道阱Q-qIT-OT
三
2020-05-18 16:27
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技术推广－DIA+PRM技术，全蛋白筛选及目标蛋白验证一体化
随着质谱仪器的不断更新换代，蛋白组学的技术也不断的革新，从最早的2-D电泳技术到基于LC-MSMS的蛋白定性；从Labelfree 技术到标记定量iTRAQ/TMT技术以及时下备受推崇的DIA/SWATH技术、PRM/MRM技术，每一次的技术革新都使得蛋白组学研究更上一阶。 当下蛋白组学研究中
2019-04-03 10:07
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Nature介绍2015值得关注的质谱技术：DIA策略
2014年末，《Nature Methods》杂志将年度技术授予了激光层照荧光显微技术（Light-sheet fluorescence microscopy）。同时，杂志也介绍了2015年值得关注的技术，包括非编码RNA、新一代CRISPR、DIA质谱以及微小晶体的结构等。 传统的
2015-02-03 23:44
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沃特世全信息串联质谱—MSE简介
未知物的（一级）母离子与（二级）碎片离子数据是对其进行质谱分析所必须的信息。除了具备DDA串联质谱采集方法外，沃特世质谱更提供了独有的全信息串联质谱（MSE）技术。那么MSE技术是如何获得串联信息，并做到信息收集的最优化与最大化呢？全信息串联质谱（MSE）能提供什么样的信息？1. 未知分析物的定性与
2020-06-29 22:20
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质谱技术在蛋白质组研究中的分析方法
2003年人类基因组精细图绘制完成，是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥？因为中心法则告诉我们，基因的产物——蛋白质，是生命活动的最终执行者。与基因组类比，研究生物体内全套蛋白质的科学，就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年，人类蛋白质组计划启动，令人激动
2020-05-18 11:17
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精确修饰位点谱图库的建立与磷酸化蛋白质组的－DIA－解析1
引言 数据非依赖采集（Data-Independent Acquisition,
DIA）是当前最热门的质谱采集技术之一，它以非目标的方式将质量范围分为若干窗口，依次并循环采集窗口内所有母离子的二级碎片[1,2]。DIA 与
SRM
类似，也是基于子离子（transition）定量，相比
2020-05-18 16:54
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Orbitrap－Exploris－480：丰富的定量流程介绍（一）
前两期中，我们分别介绍了Orbitrap Exploris™ 480的设计原则和硬件性能，卓越的定性能力，FAIMS Pro可选组件以及对TMT定量的改进。本期，飞飞将为您展示Orbitrap Exploris™ 480最绚烂的一笔—— 极致丰富的定量流程BoxCar, SureQuant定量流程
2020-04-10 17:25
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如虎添翼——Proteome－Discoverer™－软件3.1版本重磅发布
软件更新 在正在举行的ASMS 2023的会议上，赛默飞世尔公司重磅推出了革命性的Orbitrap Astral质谱仪。而作为一家刚柔并济，均衡发展的公司，本次发布会中，除了在硬件领域有重大突破外，在软件方面，我们也强势推出了最新版的Proteome Discoverer (PD）3.1，C
2023-06-09 09:43
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质谱技术在蛋白质组研究中的分析方法介绍
2003年人类基因组精细图绘制完成，是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥？因为中心法则告诉我们，基因的产物——蛋白质，是生命活动的最终执行者。与基因组类比，研究生物体内全套蛋白质的科学，就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年，人类蛋白质组计划启动，令人
2020-08-25 11:57
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新方法提升农兽药残留筛查效率
近日，中国农业科学院蜜蜂研究所（以下简称蜜蜂所）蜜粉源植物产地识别与控制团队基于液相串联高分辨质谱平台，开发一种新型集成式数据采集方法，适用于农产品中兽药、农药、霉菌毒素等混合污染物的高通量筛查，显著提升液相串联高分辨质谱技术在高通量筛查方面的准确性和实用性，为保障我国食品安全提供了一条新的策略
2020-09-12 08:15
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